根据出席十届全国人大二次会议代表审议和全国政协十届二次会议委员讨论时提出的意见和建议，国务院对《政府工作报告》进行了反复推敲和认真修改。共修改１９处，其中比较重要的修改有９处。十届全国人大二次会议１４日批准了修改后的政府工作报告。温家宝总理向十届全国人大二次会议主席团提交了关于《政府工作报告》修改情况的说明。说明中介绍了报告的主要修改情况：

　　１、在报告第二部分“２００４年主要任务”（二）中，关于“第一，保护和提高粮食综合生产能力”一段，将“加快改革土地征用制度，完善土地征用程序和补偿机制”一句，改为“加快改革土地征收、征用制度，完善土地征收、征用程序和补偿机制”。

　　２、在今年主要任务（二）中，关于“第二，推进农业和农村经济结构战略性调整”一段，将“发展农村非农产业”，改为“发展农产品加工业等农村非农产业”。

　　３、在今年主要任务（三）中，关于“继续实施西部大开发战略”一段，将“积极发展特色产业”，改为“积极发展特色经济和优势产业”。

　　４、在今年主要任务（三）的结尾处，增加“国家继续采取措施，支持革命老区加快发展”一句。

　　５、在今年主要任务（四）中，关于“积极实施可持续发展战略”一段，在“依法保护与合理利用国土资源”一句后，增加“重视海洋资源开发与保护”一句。

　　６、在今年主要任务（五）中，关于“发展卫生事业”一段，将“三是积极推进城镇医疗卫生体制改革”一句，改为“三是积极推进城镇医疗卫生体制改革试点”。

　　７、在今年主要任务（五）中，关于精神文明建设一段，在“加强农村、社区和企业等基层文化建设”一句后，增加“普及科学知识，弘扬科学精神”一句。

　　８、在今年主要任务（七）中，将“坚持以质取胜”改为“坚持科技兴贸，以质取胜”。

　　９、在《报告》第三部分“加强政府自身建设”中，关于“第五，加强政风建设和公务员队伍建设”一段，在“立足当前，着眼长远，不急功近利”一句后，增加“必须坚持改进工作作风，精简会议，减少文件，把更多时间和精力用于深入基层，调查研究”一句。