河源，上古属扬州南境，战国属楚，秦于龙川置县。 南朝齐永明元年（483年），龙川析地置河源县，属南海郡。南梁天监二年（503年）属梁化郡，隋唐属循州，南汉乾亨元年（917年）析循州分置祯州、循州，河源地区属循州。宋天禧五年（1021年）改祯州为惠州。明洪武二年（1369年）循州并入惠州，河源地区在1913年属广东省都督府潮循道，后直属广东省革命政府东江行政委员会。新中国成立后，先后属东江行政委员会、东江行政专员公署、粤东行政公署、韶关地区、惠阳地区等。1988年1月7日，国务院批准撤销河源县，设立河源市，辖源城区、郊区、龙川县、紫金县、连平县、和平县；1988年3月2日市委、市政府正式挂牌办公。1992年8月河源市经国务院批准列入沿海经济开放区，成为既可享受山区优惠政策，又可享受沿海开放区优惠政策的地区。1993年11月8日，国务院批准撤销河源市郊区，设立东源县，县委、县政府驻仙塘木京。 河源市是东江流域客家人的聚居中心。“百越”时期，来自江浙一带的越民散居于少数民族之中，对开化粤地起了重要作用。秦平百越后，迁陕陇之民居粤，带来了黄河文化。此后，凡遇中原战乱，都有一批批的移民进入岭南。这些南迁之民与当地土著民族相互同化，逐步形成了客家文明。
南齐置县。因县北有三河之源而得名。1988年设市。
1988年1月7日，国务院批准同意撤销河源县，设立河源市（地级）。河源市设立源城区、郊区，并将原惠阳地区的紫金、连平、和平、龙川4县划归河源市管辖。1993年11月8日，民政部批复（民行批[1993]209号）同意撤销河源市郊区，设立东源县，县人民政府驻仙塘镇。
2000年，据第五次全国人口普查数据：河源市总人口2266429人；源城区 227773人、紫金县 502077人、龙川县 586155人、连平县 287382人、和平县 350760人、东源县 312282人。
2002年底，辖1个市辖区、5个县，4个街道、112个镇、1个民族乡。
截至2005年12月31日，河源市辖1个市辖区、5个县，4个街道、97个镇、1个民族乡。
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